A 履歴取り出し機能を利用することでレイヤーを削除する前の状態に戻すことが可能です。
以下の方法をお試しください。

1. タイムラプスを再生し、レイヤーを取り出したいタイミングの少し前から再生速度を×1にしてください。
   
2. レイヤーを取り出したいタイミングになったら一時停止ボタンを押してください。
   
3. ︙ボタンを押して、「この時点のIPVファイルを保存」を押してください。

以下のお絵描き講座にて「履歴取り出し機能」の解説を行っています。
・履歴取り出し機能